Takashi Natsume odkąd tylko pamięta posiadał umiejętność widzenia yōkai (zjaw, duchów itp.) Od dziecka uważany był przez otoczenie za dziwadło co niestety nie ułatwiało mu kontaktów z innymi ludźmi. Osamotniony i nierozumiany zaczął traktować swój dar jako przekleństwo i za wszelką cenę starał się utrzymać go w sekrecie przed innymi.
Pewnego dnia chłopak znajduje tajemniczą książkę zwaną Księgą Przyjaciół – jedyną pamiątkę po swojej zmarłej babce. Jak się okazuje nie jest to zwyczajna książka, podobnie zresztą jak i jej była właścicielka. Babka Natsume – Reiko tak jak i on posiadała zdolność widzenia duchów. Jako młoda dziewczyna stworzyła Księgę Przyjaciół. Zapisywała w niej imiona wszystkich yōkai, które udało jej się przechytrzyć i pokonać, a one uznając jej wygraną zobowiązywały się od tej pory jej usługiwać. Teraz, kiedy Księga trafiła do Natsume, chłopak postanawia zwrócić imiona ich właścicielom. Nie jest to jednak takie proste, gdyż nie wszystkie yōkai mają pokojowe zamiary, a część z nich stara się ukraść Księgę i wykorzystać ją dla własnej korzyści. W tej sytuacji z pomocą Takashiemu przychodzi przyjmujący postać kota Madara (zwany przez Takashiego Nyanko-sensei) i wspólnie z chłopcem starają się zwrócić utracone przez duchy imiona.