"Faust" Svankmajera to swobodna adaptacja nieśmiertelnej historii Fausta, mężczyzny który sprzedał swą duszę diabłu, po raz pierwszy przedstawionej przez Goethego. Reżyser posiłkował się tu różnymi opowiadaniami dotykającymi legendy - m.in. tragedią "Tragiczne dzieje doktora Fausta" (The Tragical History of Doctor Faustus) Christophera Marlowe'a.

Bohater filmu czeskiego surrealisty to bliżej nieokreślony człowiek, który dzięki tajemniczej mapie trafia do złowrogiego teatru lalkowego, gdzie znajduje siebie zaangażowanego w niesamowite, dziwne przedstawienie, łączące w grze aktorów, gliniane a ruchome figurki i gigantyczne marionetki.

Faust sprzedał duszę diabłu w zamian za 24 szczęśliwe lata, ale nigdy nie dostał tego, co wytargował. Zamiast wieść przyjemne życie, dzięki tajemniczej mapie trafił do zrujnowanego budynku, który okazał się połączeniem laboratorium alchemicznego z teatrem lalkowym. Tam odkrył, że jest legendarnym doktorem Faustem i bierze udział w niezwykłym przedstawieniu, w którym oprócz aktorów występują gliniane figurki i olbrzymie marionetki.